本中心实行校院两级管理，中心主任负责制，隶属于湖南农业大学动物医学院。实验教学中心主任对仪器设备、实验教学经费、教学项目、队伍建设、日常事务、科学技术研究、试验研究、教学研究、对外开放等工作实行全方位的领导和管理。实验教学中心制定和健全了各种规章管理制度。中心内各实验室由专人负责，仪器设备资源共享，实验经费、实验用房实行统一管理，实验消耗品特别是有毒物品使用严格实行审批制度等。

中心面向校内外开放，提高了实验室的资源共享。为了有效发挥开放性实验室平台的作用，促进创新性实验项目的开展，中心专门制订了立足于开放实验平台的创新性实验管理细则、实施程序、工作流程和考评办法。通过该措施，有力促进了中心教师和在校学生参与创新实验实践的积极性，提高了教师实验技术水平和学生的创新和动手能力。